当天，奉天殿内举行大朝会，当庭正式宣布旨意，改组内阁与军机。
旨意中明确表示，皇帝之下分为内阁和军机。
内阁办公地点在紫禁城奉天殿东边的文华殿，军机办公地点在奉天殿西边的武英殿。
住在文华殿的永王和定王二人，搬出紫禁城，朱慈烺将抄家所得的魏国公府和保国公府，分别赐给定王和永王，作为王府。
内阁大臣管理全国政务，治理国家促进发展，掌管除军队和宗室外的一切国政事物。
内阁下属吏部、户部、礼部、工部、刑部、教化部、财政部（税务部）、海事部、鸿胪寺（外交部）、翰林院。
军机大臣管理军事，负责军事作战，开疆拓土。
军机控制全国的军队，掌军令，可以对军队发号施令，对武官选拔、考核、升降、赏罚。
军机下属兵部、情报部、后勤部、军器部、赞画部、军工研究院、皇明军校。
其中兵部是军屯部和五军都督府的集合体，新的五军都督府包括了军屯职责，总部以前叫大都督府，朱慈烺将其直接改为兵部。
军机与内阁的职权平等，凡军机要务，内阁无权过问。
二者一文一武，互不通气，分别向皇帝奏事，皇帝利用两者之间的异同，直接控制军权和政权。
遇到战事，皇帝召开御前会议，商量要不要打，打的话将要达到什么战略目的，然后军机去执行，下达作战命令。
内阁只负责调动各省的后勤支援，当然了，各地都督府也会在当地设立后勤战备仓储，随时应对战争，避免文官们后勤不继拖后腿，影响战况。
内阁大臣和军机大臣，皆由皇帝亲自任免，主要以政绩与军功为依据。
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